Mød forskningsgruppen bag Microflora Danica projektet her:

Mads Albertsen - Project manager

Mads er professor MSO i DNA sekventering, og har særligt fokus på udvikling og implementering af nye metoder indenfor DNA sekventering, og visualisering af data af opnået ved disse. Mads er optaget af at optimere, og nedskalere DNA sekventerings processer, således at det er muligt at analysere et stort antal prøver på en gang, hurtigt og omkostningseffektivt. Mads blev for alvor kendt i Danmark, da han og resten Microflora Danica teamet trådte til for at hjælpe sundhedsmyndighederne med at genom sekventere alle positive COVID-19 prøver i Danmark. Metoderne til at udføre så mange analyser parallelt, blev først udviklet til Microflora Danica, finpudset under corona sekventering (Corona Danica), og bliver nu anvendt til at muliggøre analyser af de 10.000 prøver som indsamles i Microflora Danica projektet.

Per Halkjær Nielsen - Project manager

Per er professor i Environmental Biotechnology og leder af det multidisciplinære center ”Center for Microbial Communities”  på instituttet. Han har været aktiv i forskningsverden i over 25 år, hvor han primært har fokuseret på mikrobiel økologi i biologiske rensningsanlæg, produktion af bioenergi og genvinding af næringsstoffer. Per har været blandt pionererne for udvikling og implementering af DNA baserede metoder indenfor vandteknik området.

Per står bag etableringen af MiDAS, et centralt online og open access opslagsværk samt database over mikroorganismer i danske og globale rensningsanlæg og rådnetanke. Denne tankegang er videreført i Microflora Danica.

Vibeke R. Jørgensen - Projekt koordinator

Vibeke har en baggrund i molekylær biologi, og en ph.d. heri opnået ved instituttet i 2012. Efterfølgende har hun arbejdet med biologisk rådgivning, undervisning, og prøvekoordinering – sidstnævnte i forbindelse med indsamling af prøver først fra rensningsanlæg og siden biogasanlæg over hele verden.

Med sin brede baggrund indenfor forskning, undervisning, og projektkoordinering, og med sit omfattende netværk er Vibeke godt placeret til at varetage og koordinere de alsidige opgaver der opstår når 10.000 prøver skal indsamles på tværs af Danmarks forskellige arealer og områdetyper, og efterfølgende registreres og analyseres .

Simon Knutsson - Laboratorie manager

Simon har mange års erfaring med håndtering af prøver i storskala i laboratoriet, og har været en del af forskningsgruppens arbejde med global database over spildevand og renseanlæg, og en vigtig del af arbejdet med corona sekventering der foregik på Aalborg Universitet.

I Microflora Danica projektet er Simon central for langt de fleste DNA analyser og processer i laboratoriet, og også involveret i udvikling, validering og indkøring af nye metoder og udstyr.

Emil Aarre Sørensen - Ph.d. studerende

En central målsætning for Microflora Danica er at etablere en komplet reference database af høj kvalitet, baseret på lange og præcise DNA sekvenser fra mikroorganismer fra alle danske habitater. Emil er ansvarlig for dette arbejde, mens han også arbejder med metodeudvikling indenfor molekylær biologiske værktøjer. Fokus for dette udviklingsarbejde er berigelse af RNA gener, og state-of-the-art sekventerings teknikker

Thomas Bygh Nymann Jensen - Ph.d. studerende

Thomas står for den del af Microflora Danica som fokuserer på sekventering af alle 10.000 prøver som er blevet indsamlet på tværs af alle danske habitater i løbet af projektperioden.

Den primære metode som benyttes til denne del er det såkaldte ”short read shotgun” sekventering, hvor fokus ligger på bredden af prøver fremfor analyse dybde. Resultatet af dette arbejde vil være den mest omfattende analyse af identitet, hyppighed og fordeling af mikroorganismer på tværs af hele Danmark.

Thomas var modtager af ”Novo Scholarship” i 2019.

Francesca Petriglieri

En stor del af Francescas forskning har fokuseret på økofysiologien af de mikroorganismer som er centrale spillere i fjernelse af næringsstoffer fra spildevand på renseanlæg på tværs af Danmark og på verdens plan. Til dette benyttes en vifte af forskellige metoder, herunder annotering af mikroorganismers centrale stofskifteprocesser ud fra det genetiske potentiale fra fuld genom sekvenser, og validering af disse processer vha. avancerede mikroskopi teknikker. Francescas erfaring udnyttes i Microflora Danica til at karakterisere hidtil ukendte mikroorganismer, og gå skridtet fra hypotetisk (genom-baseret) funktion af mikroorganismer, til at afdække hvilke mikroorgansimer som er involveret i centrale processer i vores omgivelser.

Giulia Dottorini - Post.doc.

I løbet af Giulias ph.d. har hun undersøgt hvilken effekt immigrerende mikroorganismer fra spildevand har på rensningsanlæg på tværs af Danmark. Effekten af immigration på de mikrobielle samfund i renseanlæggenes procestanke er et debatteret emne, som kun for nyligt er blevet erkendt, til dels i kraft af Giulia og hendes kollegers arbejde. Disse fund er med til at ændre vores opfattelse af de mikrobielle samfunds dynamik i aktivt slam, og bioprocesser, og forbedrer muligheden for at kunne regulere processerne på sigt.

Som en del af Microflora Danica teamet vil Giulia dykke dybere ned i mikrobiel immigration, og undersøge mikroorganismernes bevægelse og immigration gennem de danske vandveje.

Mantas Sereika - Ph.d. studerende

En stor del af Microflora Danicas kerne er at afdække de hidtil ukendte mikroroganismer som findes omkring os i de danske miljøer, og afklare hvilke arter der findes, samt hvilke funktioner de udfører. Et fokuspunkt herfor er at undersøge det genetiske potentiale, ved at sekventere mikroorganismernes hele genomer.

Mantas arbejder på at udvinde fulde genomer fra de komplekse biologiske sammensætninger der findes i de indsamlede prøver. Fokus for hans arbejde er ”long-read” sekventering i kombination med computer behandling i stor skala (high-throughput bioinformatics).

Mantas var modtager af legat i 2020.